Nationalsozialismus
Der Nationalsozialismus brachte für das Studienseminar beträchtliche Veränderungen. Schon 1939 wurde eine Verordnung erlassen, mit der alle Jungen Mitglied bei der „Allgemeinen Hitlerjugend“ werden mussten. In kirchlichen Einrichtungen gelang es hin und wieder, die Umsetzung solcher Entscheidungen etwas hinauszuzögern. So auch in St. Michael, wo zwei Jahre lange keiner der Jugendlichen der Hitlerjugend beitrat. Dann musste der Widerstand aufgegeben werden. Die Einschüchterungen waren zu heftig, ebenso das Risiko einer Schließung.
Während des Zweiten Weltkriegs wurde das Haus beschlagnahmt. Wegen der ständig steigenden Zahl an Verwundeten wurden die Räume nun als Lazarett genutzt. Als in den letzten Kriegsmonaten Millionen von Flüchtlingen ihre Heimat verlassen mussten, wurde das Gebäude nach Kriegsende als Lager für Bessarabiendeutsche verwendet. Der Erzdiözese stand St. Michael somit längere Zeit nicht als Studienseminar zur Verfügung. Die Intention des Hauses wurde dennoch nicht aufgegeben. Allerdings mussten die Schüler in verschiedenen kirchlichen Häusern, aber auch bei Privatpersonen untergebracht werden.
Als das Gebäude im Dezember 1945 wieder bezogen werden konnte, stieg die Zahl der Seminaristen spürbar an. Die Höchstzahl wurde in den 1970er Jahren mit ca. 180 Jungen erreicht. Die Räumlichkeiten waren nun voll ausgenutzt, die Schlaf-, Studier- und Aufenthaltsräume „bis auf den letzten Platz“ gefüllt. Es mussten sogar zwei Sonntagsgottesdienste angesetzt werden.